Наш проект отталкивается от событий второго сезона, где разразилась четвёртая мировая война шиноби, и устремляется вперёд, в будущее, на 150 лет. 

После той разрушительной войны прошло немало лет и событий, которые включают в себя и мелкие стычки между странами или внутри селений. Но вот, наконец, всё утихло, и мир приступил к не менее долгому восстановлению. За это время появилось немало новых героев, новых персонажей, которые вносили в истории свою ленту и меняли её ход. Старое уступило место новому, и появилась надежда, что не повторится история прошлого, однако... Жизнь имеет такое свойство, вновь и вновь преподносить людям одни и те же уроки, одни и те же испытания. Так и в этот раз. Хоть и прошло 150 лет, разгорелось новое соперничество, которое имело место между кланами.

Между потомками каждого клана разгорелась настоящая война: каждый желал стать обладателем свитка, содержащего в себе две техники разрушительной силы. По легендам, эти техники принадлежали сильнейшему шиноби, который жил на этой земле много столетий назад. Свиток надёжно спрятан и никто не имеет к нему доступа. Святой колыбелью этой тайны могло быть любое место, будь это тайник или хранилище на территории одной из стран или же дно океана, а возможно, свиток прямо под носом, и стоит лишь протянуть к нему руку.
Но правда известна лишь одному шиноби, который обитает в Куса. Каге селения Травы придумал слух и пустил его по ветру, дабы разжечь пламя вражды между соседними селениями. В то время как единство и мощь соседей будет спадать, сам каге будет увеличивать власть своего селения, таков был гнусный план.

А пока кланы продолжают враждовать, в тени собирается с силами и готовится явить себя миру старая организация, которая когда-то была практически уничтожена - Акацуки. Эта организация пережила катастрофу и сохранила себя практически в неизменном виде. В этой организации сохранились старые устои. Их по-прежнему десять, все они разбиты на пары, имеют те же плащи, что и их предки. Главная отличительная черта от других шиноби, не состоящих в акатски, татуировка -  феникс - на левом предплечье. Также все шиноби собраны из разных стран и не связаны с предыдущими членами организации родственными связями.
У Фениксов есть свой лидер, который немного старше своих товарищей по команде, опытней, а также сильнее. Он редко выходит в свет, считается неуловимым, так как до создания организации долгое время скрывался от кары за предательство деревни.
Используя опыт старших, лидер отбирает еще девять сильнейших шиноби . Их цель - джинчурики, дабы воцарил в мире тот порядок, который они считают правильным. Но нельзя забывать и о свитке. Техники так же привлекли организацию, от чего они предприняли попытку узнать об этом побольше и первыми добраться до хранилища столь ценного клада.